Es el órgano de gobierno en tercera instancia, es mismo que ejerce autoridad espiritual y administrativa conforme a las Sagradas Escrituras, a favor de los fieles. Está conformado por los Presbiterios y Juntas Presbiterales de una determinada extensión geográfica, integrado por los Delegados de los Presbiterios y Ministros.
1. Presbiterio Norte Chico
2. Presbiterio Lima Norte y Callao
3. Presbiterio Lima Nor Este
4. Presbiterio Monte Sinaí
5. Presbiterio Lima Este
6. Presbiterio Lima Centro
7. Presbiterio Lima Sur
8. Presbiterio Lima Sur Oeste
9. Junta Presbiteral Cajatambo
1. Presbiterio HUÁNUCO
2. Presbiterio JUNIN
3. Presbiterio PASCO
4. Presbiterio PAUCARTAMBO
5. Presbiterio HUALLAGA
6. Presbiterio BETHEL PUERTO INCA
7. Presbiterio VALLE DEL MONZÓN
8. Presbiterio VALLE DEL POZUZO
9. Presbiterio DOS DE MAYO – LA UNIÓN MARGEN IZQUIERDA
10. Presbiterio DOS DE MAYO – MARGEN DERECHA
11. Presbiterio HUAMALÍES
13. Presbiterio HUAYLLAY
1. Presbiterio UCHUBAMBA
2. Presbiterio CHANCHAMAYO
3. Presbiterio PERENÉ
4. Presbiterio PICHANAKI
5. Presbiterio SATIPO CENTRO
6. Presbiterio SATIPO NORTE
7. Presbiterio PANGOA
8. Presbiterio OXAPAMPA
1. Presbiterio Huancayo Concepción Chupaca
2. Presbiterio Huancayo Sur
3. Presbiterio Pampas Tayacaja
4. Presbiterio Jauja
5. Presbiterio Yauli La Oroya
6. Presbiterio Pihuas
7. Junta Presbiteral Cedropampa
8. Junta Presbiteral Surcubamba
9. Junta Presbiteral Tulumayo
10. Junta Presbiteral Canipaco
1. Presbiterio Chopcca
2. Presbiterio Huando
3. Presbiterio Palca
4. Presbiterio Acoria Norte
5. Presbiterio Nuevo Acoria Yauli Huancavelica
1. Presbiterio YAUYOS NORTE
2. Presbiterio YAUYOS CENTRO
3. Presbiterio YAUYOS SUR
1. Presbiterio Huanta Santillana
2. Presbiterio Churcampa
3. Presbiterio Ayacucho
4. Presbiterio Pilpichaca Santa Inés
5. Presbiterio Castrovirreyna
6. Presbiterio Ica
1. Presbiterio Arequipa
2. Presbiterio Arequipa Sur Este
3. Presbiterio Callalli Caylloma
4. Presbiterio Tisco Caylloma
5. Presbiterio Tarucani
6. Junta Presbiteral Chalhuanca
7. Junta Presbiteral Costa
8. Junta Presbiteral Ubinas
1. Presbiterio Getsemaní
2. Presbiterio Monte de los Olivos
3. Presbiterio Huerto de Edén
4. Presbiterio Monte Hebrón
5. Presbiterio Rio Jordán
6. Presbiterio Betania
7. Presbiterio Ebenezer
8. Presbiterio de Los Galileos
9. Presbiterio Bethel
10. Presbiterio Monte Sión
11. Presbiterio Monte Horeb
12. Junta Presbiteral Totora
13. Junta Presbiteral Cavira
1. Presbiterio Cusco
2. Presbiterio Sicuani
3. Presbiterio Yauri Espinar
4. Presbiterio Espinar
5. Presbiterio Yanatile
6. Presbiterio Valle Sagrado de los Incas
7. Presbiterio Occobamba
8. Presbiterio Acomayo
9. Presbiterio Sur Paruro
10. Presbiterio Paruro
11. Presbiterio Chumbivilcas
12. Presbiterio Cuenca Paruro – Chumbivilcas
13. Presbiterio Quispicanchi
14. Presbiterio Layo
15. Presbiterio Anta
16. Presbiterio Maranganí
17. Presbiterio Alto Canas
18. Junta Presbiteral Pitumarca
19. Junta Presbiteral Combapata
20. Junta Presbiteral Hoya del Apurímac
1. Presbiterio Norte de Puno
2. Presbiterio “Emaús” Centro de Puno
3. Presbiterio Andino Lampa
4. Presbiterio Getsemaní
5. Junta Presbiteral Nuñoa
6. Junta Presbiteral Orurillo
1. Presbiterio Chachapoyas
2. Presbiterio Rodríguez de Mendoza
1. Presbiterio Ancalí
2. Presbiterio Otuzco
3. Presbiterio Pataz
4. Presbiterio Agallipampa
5. Junta Presbiteral Nor Occidente
1. Presbiterio Tarma Zona Baja
2. Presbiterio Tarma Zona Alta
3. Presbiterio Belén Tarma
4. Presbiterio Aposento Alto
5. Junta Presbiteral Zona Norte Chuquishiunca
1. Presbiterio Quillabamba
2. Presbiterio Echarati
3. Presbiterio Alto Urubamba
4. Presbiterio Vilcabamba
5. Junta Presbiteral Medio Urubamba
6. Junta Presbiteral Valle San Miguel
